市街地からほど近く、長崎港や水辺の森公園がある美しい場所に立地。世界的な建築家・隈研吾氏がデザインしたモダンな建物は数々の賞を受賞している。主な収蔵作品は、長崎ゆかりの美術とスペイン美術。ピカソ、ダリなどスペイン美術の作品数は東洋有数の規模を誇る。展示室以外は無料スペースで、長崎港が一望できる屋上庭園やカフェ、日本で唯一プラド美術館グッズを販売するショップがある。