琵琶湖は日本の中央に位置する、世界でも希少な古代湖の一つです。また、日本最大の淡水湖であり、非常に長い期間にわたって地域の自然と文化の歴史を形作ってきました。
琵琶湖博物館は「湖と人」をテーマとして、琵琶湖やそこで長い歴史の間に生じた変化に焦点をあてた展示を行っています。また、日本最大級の淡水魚の水族展示を持ち、多くの固有種の展示を行っています。