近代科学資料館は東京理科大学創立110周年を記念して1991年11月に故二村冨久氏(1941年東京物理学校理化学部卒・二村化学工業株式会社の創立者：現フタムラ化学株式会社)のご寄付により建設され、1906年に本学ゆかりの地である神楽坂に建設された東京物理学校の木造校舎の外観を復元しています。大学創立140周年を記念して2020年にリニューアルし、近代科学の発展と本学の歴史を紹介しています。
2022年10月には、2015年にノーベル生理学・医学賞を受賞された大村智特別栄誉博士の功績を顕彰する施設として、「大村智記念展示室」を資料館2階に開設しました。
　
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